Na terceira temporada, a história baseia-se nas tentativas de salvar Dean do seu acordo. Pelo caminho, os irmãos conhecem um demônio chamado Ruby que mostra interesse em Sam e diz conseguir ajudar Dean. Também conhecem Bela Talbot, uma "colecionadora" e vendedora de objetos antigos que está constantemente a prejudicá-los. Sam e Dean conseguem, depois de algum tempo, encontrar o demônio que guarda o contrato de Dean - um ser de grande poder chamado Lilith, que quer ver Sam morto. No final, Sam e Ruby não conseguem salvar Dean e este é morto e enviado para o Inferno.
Episódio 1 - The Magnificent Seven
(Os Sete Magnificos)
Sam e Dean estão diante de uma onda de mortes causadas pelos demônios que deixaram escapar pela porta do inferno. Bobby estima que se trata de mais de 200 demônios à solta. Dean muda seu estilo de vida por conta do pacto que lhe deu apenas mais um ano de vida; o que deixa Sam muito incomodado, já que ele está em busca de uma solução para o negócio. Bobby sugere aos irmãos irem para Nebraska, para caçar sete demônios que são manifestações reais dos sete pecados capitais.
Episódio 2 - The kids Are Alright
(Tudo bem com as Crianças)
Dean conta toda a verdade sobre o pacto que fez para Sam. Os dois seguem para Indiana e visitam uma ex-namorada de Dean, a bela Lisa, que celebrava mais um aniversário do seu filho, Ben. A semelhança não deixou dúvida: Ben era filho de Dean. De repente Ben desaparece... Sam e Dean descobrem que um parasita demoníaco está roubando crianças da cidade e assumindo sua forma. Enquanto isso, Ruby entra em contato com Sam e revela uma assustadora informação sobre a mãe dos garotos.
Episódio 3 - Bad Day At Black Rock
(Dia Ruim em Black Rock)
Sam e Dean descobrem que alguém invadiu o quarto secreto que o pai usava como depósito e lá acham um pé de coelho amaldiçoado que havia sido roubado e ligam para Bobby em busca de ajuda. Ele os alerta para tomarem cuidado com o amuleto. Embora ele transmita muita boa sorte, quem o perde vê a chegada da morte em uma semana. A sorte logo é percebida por Sam, mas uma ladra rouba o amuleto dele... Sua sorte desaparece e o medo da morte se torna muito presente!
Episódio 4 - Sin City (Cidade do Pecado)
Sam e Dean investigam uma onda de mortes violentas que está acontecendo em Ohio, num povoado que esteve no anonimato até que recentemente se transformou em uma espécie de paraíso para os apostadores e beberrões. Dean descobre que alguns demônios se infiltraram na cidade e, usando seus poderes de persuasão, tem obrigado os habitantes do local a sucumbir aos seus mais baixos instintos. Enquanto isso, Ruby (a atriz convidada Katie Cassidy) ajuda Bobby a reconstruir o Colt desde o princípio, ao mesmo tempo em que lhe revela informações muito interessantes.
Episódio 5 - Bedtime Stories
(Histórias para Dormir)
Desta vez uma pequena cidade que está enfrentando uma série de estranhos assassinatos que, muitos dos elementos lembram contos de fada como Chapéuzinho Vermelho, Branca de Neve e João e Maria. Enquanto isso, Sam invoca o demônio da encruzilhada e ameaça matá-lo.
Episódio 6 - Red Sky At Morning
(Céu Vermelho)
Dean descobre que Sam foi atrás do demônio da encruzilhada e usou uma bala do colt. Desta vez os irmãos investigam o misterioso desaparecimento de vítimas afogadas que não estavam perto da água na hora de sua morte. Como? Durante a investigação cruzam com Bela, quem também está investigando o caso a pedido da família de uma das vítimas. Sam e Dean avisam para ela ficar fora de seu caminho, mas não sabem que ela tem outros planos.
Episódio 7 - Fresh Blood (Sangue Fresco)
Sam e Dean capturam uma vampira chamada Lucy. O curioso é que ela alega não saber como se tornou uma vampira. Intrigados, os irmãos descobrem que Dixon, outro vampiro, está dando sangue humano para inocentes mulheres em bares, como se fosse a droga da moda e transformando-as em vampiros. Enquanto isso, Gordon escapa da prisão e pressiona Bela a dizer onde encontrar Sam. Entretanto, Dixon transforma Gordon em vampiro, o que o torna mais poderoso e perigoso... sobretudo para Sam.
Episódio 8 - A Very Supernatural Christmas
(Um Natal Sobrenatural)
Em pleno clima natalino, os irmãos investigam uma série de assassinatos onde as vítimas são puxadas através de suas chaminés. Sam acredita que se trata de alguém "anti Papai Noel", uma espécie de demônio com raízes na crença pagã. Dean, temendo ser este seu último Natal com o Sam, quer celebrá-lo de modo tradicional. Sam relembra do decepcionante Natal de 1991...
Episódio 9 - Malleus Maleficarum
(Magia Negra)
Em Massachusetts, Sam e Dean descobrem um grupo de bruxas que já matou duas pessoas. Ruby os adverte dizendo que o demônio que as está controlando é muito poderoso e irá com certeza matá-los. Ignorando a informação, os irmãos vão atrás do grupo e confrontam a líder das bruxas, que expõe a todos o passado de Ruby.
Episódio 10 - Dream A Little Dream Of Me
(Sonhe Comigo)
Sam anda bebendo muito pois percebe que Dean não quer ser salvo e não liga mais para própria vida. Já Bobby, em coma, trava uma batalha com seus demônios pessoais. Sam e Dean descobrem que alguém envenenou Bobby com uma poção que irá matá-lo se ele não acordar logo. Desesperados, os irmãos decidem tomar a poção para entrar nos sonhos de Bobby e ficam cara a cara com seus pesadelos pessoais.
Episódio 11 - Mystery Spot (Local Misterioso)
Sam está em pânico pois cada vez que tenta dormir tem um pesadelo com Dean morrendo... ao despertar no dia seguinte, os fatos que antecedem à morte, se concretizam. Dean é morto depois de investigar um caso sobre o desaparecimento de um homem com Sam. Na manhã seguinte, Sam fica chocado ao descobrir que Dean está vivo e o dia está se repetindo. Desesperado, Sam tenta a cada pesadelo mudar o destino do irmão. Como salvar a vida de Dean tantas vezes?
Episódio 12 - Jus In Bello (Terror na Delegacia)
Henrik, um agente do FBI, captura Sam e Dean e os leva para a delegacia, alertando o xerife de que eles são perigosos criminosos. Mesmo estando presos, eles são culpados da morte do parceiro de Henrik. Uma fumaça negra cobre a cidade e possui as pessoas... só estão protegidas aqueles que estão na sede da polícia. Com tudo isso acontecendo, todos da delegacia decidem seguir um plano que Dean acredita que dará certo. Será?
Episódio 13 - Ghostfacers! (O Fantasma Bissesto)
A dois meses do fim do seu tempo de vida de Dean, os irmãos participam de um reality show de terror chamado "Os Encara Fantasmas". O programa era gravado na mansão Morton, um imóvel abandonado, que, segundo se acreditava, tornava-se um dos lugares mais assombrados da América uma vez ao ano. Tudo parecia normal até Sam e Dean perceberem que pessoas estavam desaparecendo dentro da mansão... E relacionam o fato a um fantasma que agia sempre sumindo com pessoas nos anos bicestos, como aquele que estavam vivendo. Próximo da meia noite, o susto e o pânico tomam conta da casa!
Episódio 14 - Long-Distance Cal
(O Interurbano)
Várias pessoas de uma pequena cidade do Ohio receberam ligações de pessoas mortas que incentivam outras a cometerem suicídio. Ao investigar o intrigante caso, Dean recebe um telefonema de seu pai apontando uma solução para livrá-lo do seu pacto. Os irmãos discutem e discordam: seria mesmo John Winschester do outro lado da linha?
Episódio 15 - Time Is On My Side
(O Tempo está do Meu Lado)
Faltando apenas três semanas para o fim do pacto, Dean tenta descobrir quem é seu "dono". Quem detem o seu "contrato"? Mesmo assim Sam convence o irmão a acompanhá-lo numa missão envolvendo zumbis. Na Pensilvânia, descobrem que se trata de um médico verdadeiro que, em 1816, abandonou a medicina tradicional para se dedicar à obsessiva busca pela vida eterna... drogando e roubando órgãos das pessoas.
Episódio 16 - No Rest For The Wicked
(Enfrenteando o Capeta)
Só faltam 30 horas para acabar o tempo do pacto de Dean com o demônio da encruzilhada. Sam e Bobby procuram a detentora do tal contrato e, portanto, dona da alma de Dean. Sam localiza Lilith (no corpo de uma garotinha) e recorre a Ruby apesar dos protestos de Dean. Ruby adverte que eles não estão prontos pra lutar com Lilith mas eles roubam sua faca e partem para uma batalha. Sam, Dean e Bobby enfrentam Lilith e todos seus demônios num último esforço desesperado para salvar a vida de Dean.
